Το σύστημα μοριακής ανάλυσης ευρείας κλίμακας μεγάλων πειραματικών αλληλουχιών αποτελείται από τα παρακάτω τμήματα και θα χρησιμοποιηθεί για τους εξής ερευνητικούς σκοπούς:
- Πλατφόρμα αλληλούχησης ευρείας κλίμακας: Η πλατφόρμα DNBSEC G50 (MGI) θα χρησιμοποιηθεί για αναλύσεις Γονιδιωματικής, Μεταγραφωματικής και Μεταγονιδιωματικής, σε εφαρμογές που απαιτούν αλληλούχηση πολλαπλών δειγμάτων RNA ή DNA σε πολύ μεγάλο βάθος (δηλ. 10 εκατομμύρια διαβάσματα / δείγμα).
- Ολοκληρωμένο σύστημα προετοιμασίας δείγματος, κατασκευής και ελέγχου ποιότητας βιβλιοθηκών, καθώς και προετοιμασίας εκμαγείου αλληλούχησης επόμενης γενιάς με χημεία μεγάλων πειραματικών αλληλουχιών: Η πλατφόρμα Ion Chef (Thermo Scientific) θα χρησιμοποιηθεί σε συνδυασμό με την πλατφόρμα αλληλούχησης Ion PGM που είναι εγκατεστημένη και λειτουργεί εδώ και χρόνια στην Ερευνητική Μονάδα Αλληλούχησης Νέας Γενιάς του Τομέα Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας (Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.). Συγκεκριμένα, η πλατφόρμα Ion Chef θα χρησιμοποιείται για τη δημιουργία RNA και DNA βιβλιοθηκών NGS, προετοιμασία εκμαγείου NGS και φόρτωμα των sequencing chips, για αλληλούχηση στην πλατφόρμα Ion PGM, σε εφαρμογές που απαιτούν την αλληλούχηση μεγάλων τμημάτων νουκλεϊκών οξέων.
- Σύστημα ποσοτικοποίησης βιβλιοθηκών υψηλής ευαισθησίας για μοριακή ανάλυση ευρείας κλίμακας: Η πλατφόρμα QIAcuity One (Qiagen) θα χρησιμοποιηθεί για την ακριβή ποσοτικοποίηση βιβλιοθηκών NGS, η οποία απαιτείται για τη μεγιστοποίηση της απόδοσης των πειραμάτων αλληλούχησης ευρείας κλίμακας. Με το συγκεκριμένο σύστημα καθίσταται εφικτή η ποσοτικοποίηση ακόμα και πολύ αραιών βιβλιοθηκών NGS.